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La historia toma lugar en un futuro distante, centrándose en Yuma Tsukumo, un joven chico quien aspira a convertirse en el campeón de duelistas, pero gracias a su imprudencia se ve envuelto en un problema. Algo inesperado sucede cuando reta a Ryoga Kamishiro (Shark) para recuperar el deck de su amigo. Durante el duelo, mientras Yuma perdía contra Ryoga un espíritu llamado Astral aparece frente a él, y motiva a Yuma a que ganen el duelo. Ahora Yuma tiene la misión de recuperar los 99 pedazos de memoria de Astral encerrados en 99 Monstruos Exceed.